在蛋白质组学研究中，样本类型的复杂性和实验数据的可重复性往往难以兼顾。如何在血浆、组织、细胞和体液等多种生物样本中实现高通量、低偏倚的定量分析，是当前质谱技术持续优化的核心命题。数据独立采集质谱（Data-Independent Acquisition, DIA-MS）以其高覆盖率、良好重复性和缺失值低等优势，逐渐成为主流技术路径，尤其适用于多样本、队列型研究设计。

一、DIA-MS的优势

与数据依赖采集（DDA）方法相比，DIA通过预设质量窗口系统地采集所有离子信息，不再依赖前体离子的强度筛选。这种全面采集策略不仅提高了低丰度蛋白的识别率，还有效减少了实验间的批次效应。得益于数据结构的统一性，DIA-MS尤其适合大样本量、多时间点、多类型样本的横向比较，广泛应用于疾病机制探索、生物标志物发现和临床样本监测等领域。

二、血浆样本分析：动态范围挑战下的解决方案

血浆具有极高的蛋白动态范围，少量高丰度蛋白会掩盖大量生物学意义显著的中低丰度蛋白，成为蛋白质组分析的主要难点。

※ 关键优化策略包括：

• 蛋白质丰度调整：通过免疫耗减、分馏或选择性沉淀等方法降低高丰度蛋白干扰；
• 样本前处理标准化：采用低吸附耗材、优化酶解条件与洗脱程序，提高肽段回收率与重复性；
• 光谱库策略灵活性：可选择构建特异性项目库，或使用经过验证的通用参考库提升识别效率。

通过上述策略，DIA-MS可显著提升血浆样本中的检出蛋白数量，适用于早期疾病标志物筛选与动态监测研究。

三、组织样本分析：应对异质性与复杂结构

组织样本在蛋白丰度、细胞组成、空间结构方面差异显著，尤其在肿瘤、生殖、神经等组织类型中更为明显，DIA-MS分析需从样本层面精细控制。

※ 技术要点包括：

• 充分裂解策略：采用多重裂解方式（物理+化学）提升膜蛋白和细胞器蛋白释放；
• 空间均一化处理：切片打散或组织块混匀可降低组织内局部异质性；
• 质量控制体系引入：引入内部标准或质控样本有助于控制跨批次变异。

结合上述优化流程，组织样本DIA-MS可用于构建疾病相关通路图谱，实现组织特异性蛋白标志物挖掘。

四、细胞样本分析：小体积、高灵敏需求下的优化

细胞样本起始量小但背景干净，具备良好的实验可控性，是机制研究的重要模型，但DIA-MS需适配低输入量下的灵敏度和准确性要求。

※ 优化建议包括：

• 微量处理平台使用：采用低损耗、高回收效率的样本处理方法减少蛋白损失；
• 数据重复性保障：技术重复和系统质控样本设置可提升定量一致性；
• 条件混合策略：适当的样本合并在统计允许范围内可提高信号稳定性。

在细胞水平上，DIA-MS可支持信号通路研究、处理反应动态监测等应用场景。

五、体液样本分析：从脑脊液到唾液的非侵入式检测

体液样本如脑脊液、尿液、唾液等，在临床研究中因其采集方式相对温和、可重复性强，越来越受到重视。但这些样本往往总蛋白含量低，杂质背景复杂，增加了DIA-MS分析难度。

※ 关键优化包括：

• 前处理方法适配：根据样本类型选择超滤、沉淀、亲水富集等策略净化目标蛋白；
• 背景离子屏蔽：调节缓冲体系、优化洗脱条件减少非特异离子干扰；
• 批次控制与归一化：通过内源标准或外源标记进行归一化处理，提升跨样本可比性。

体液DIA-MS技术已在中枢神经系统疾病、生殖健康和炎症状态评估中显示出良好的应用前景。

六、多类型样本整合：助力系统生物学研究

在现代生物医学研究中，跨样本类型的数据整合正成为趋势。例如将组织与血浆联合分析，或比较细胞与外泌体的蛋白表达差异，可揭示更完整的生物学网络。DIA-MS提供了统一的数据平台、稳定的数据结构和可拓展的分析通路，尤其适用于构建多组学数据间的桥梁。搭配标准化的分析流程和算法工具，可实现不同样本间的量化一致性，增强研究结论的系统性与可信度。

DIA-MS技术的快速发展，为不同类型生物样本的蛋白质组学研究提供了强大支持。从血浆到组织，从细胞到体液，通过合理设计和优化流程，科研人员可以在保持数据质量的同时，拓展研究广度，挖掘深层生物学信息。如您希望获得覆盖不同样本类型的DIA-MS分析方案、定制化前处理流程或高质量光谱库构建服务，欢迎联系百泰派克生物科技专业技术团队，我们将以经验丰富的科研支持为您的研究提供可靠助力。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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